原料藥廠廢水處理深度處理方法主要有生物法、化學法和物理法三種方法。

生物法是指利用微生物對廢水中的有機物進行降解和轉化的方法。這種方法通常采用活性污泥法、生物膜法、生物接觸氧化法等。其中，活性污泥法是廢水處理常用的一種方法，它通過將廢水與一定量的活性污泥混合，使微生物在一定條件下進行生長和代謝，從而將廢水中的有機物轉化為無機物，達到凈化廢水的目的。生物法具有處理效果好、成本低、操作簡單等優點，但也存在著對溫度、pH值等環境條件的要求較高、處理效率受到廢水中有毒物質的影響等缺點。

化學法是指利用化學反應將廢水中的有機物轉化為無機物的方法。這種方法通常采用氧化法、還原法、沉淀法等。其中，氧化法是廢水處理常用的一種方法，它通過加入氧化劑，如氯氣、臭氧、過氧化氫等，使廢水中的有機物氧化為無機物，從而達到凈化廢水的目的。化學法具有處理效率高、處理時間短、對環境條件要求低等優點，但也存在著成本較高、對操作人員要求高等缺點。

物理法是指利用物理原理將廢水中的有機物與無機物分離的方法。這種方法通常采用吸附法、膜分離法、離子交換法等。其中，膜分離法是廢水處理常用的一種方法，它通過利用膜的選擇性通透性，將廢水中的有機物、無機物等分離出來，從而達到凈化廢水的目的。物理法具有處理效果穩定、對環境條件要求低、操作簡單等優點，但也存在著成本較高、對膜的選擇性要求高等缺點。

綜上所述，原料藥廠廢水處理深度處理方法有生物法、化學法和物理法三種方法，每種方法都有其優缺點，需要根據具體情況選擇合適的方法進行處理。

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